Kolonoskopia umożliwia lekarzowi obejrzeć wnętrze jelita grubego od odbytnicy aż do kątnicy i w uzasadnionych przypadkach końcowy odcinek jelita cienkiego. Procedura jest używana do wyjaśnienia przyczyn niektórych chorób wewnątrz jamy brzusznej, jak również do wykrycia nowotworów jelita grubego i odbytnicy we wczesnym stadium (najczęściej pod postacią polipów). Umożliwia też zobaczenie zmian zapalnych (spowodowanych wirusami, grzybami czy bakteriami), także polipów o charakterze nienowotworowym, zrostów patologicznych, wrzodów, nadżerek, uchyłków czy ocenę pooperacyjnych zespoleń jelitowych.

W czasie badania pacjent leży na boku. W trakcie kolonoskopii możliwa jest zmiana ułożenia pacjenta. Przed badaniem znieczulamy okolicę odbytu środkiem żelowym (lignokaina). Możliwe jest podanie leków mających na celu relaks i zmniejszenie stresu podczas zabiegu jak również zastosowanie znieczulenia ogólnego dożylnego z udziałem anestezjologa. Lekarz endoskopista umieszcza rurkę zwaną kolonoskopem w odbytnicy, która połączona jest z ekranem umożliwiającym oglądanie wnętrza jelita. Urządzenie może się zaginać, dzięki czemu lekarz może dostosowywać je do kształtu jelita i pokonywać zagięcia. Czasami dla ułatwienia prosimy pacjenta o zmianę pozycji. U niektórych chorych asysta uciska jamę brzuszną w celu ułatwienia przesuwania aparatu. Kolonoskop pompuje powietrze do jelita oraz ma możliwość odsysania płynnego stolca co umożliwia przeprowadzenie badania. Podczas badania lekarz może pobrać wycinek ściany jelita (biopsja) lub usunąć polipy w całości. Materiał ten jest następnie przesyłany do badania histopatologicznego. Zdarzające się bardzo rzadko krwawienie po polipektomii można zatamować w trakcie badania przy użyciu różnych technik (ostrzykiwanie,koagulacja argonowa, klipsowanie). Kolonoskopia trwa ok. 30 minut. Po badaniu pacjent powinien oddać gazy oraz pozostać pod obserwacją lekarza aż ten pozwoli mu opuścić gabinet. Lekarz informuje pacjenta o dalszym postępowaniu. Wydaje wynik badania. Bardzo istotna jest informacja dla pacjenta, że w przypadku pojawienia się bólu brzucha lub krwawienia z odbytu natychmiast powinien zgłosić się do szpitala. Pacjent obowiązany jest również odebrać wyniki badania histopatologicznego otrzymuję wówczas następne informacje co do dalszego postępowania.

Żeby zapewnić dokładność, bezpieczeństwo i optymalny czas badania jelito musi być dokładnie oczyszczone ze stolca. W tym celu od ok. 7 dni przed badaniem pacjent nie może spożywać owoców z drobnymi pestkami (np.agrest, truskawki, kiwi, winogrono), zażywać tabletek zawierających żelazo. Na 1-3 dni przed badaniem powinien stosować płynną dietę. Musi też użyć odpowiedni środek przeczyszczający – wydawany przed badaniem w biurze projektu. Pacjent powinien zgłosić się do badania z osobą towarzyszącą , która w razie konieczności zapewni transport do domu (w przypadku podawania leków podczas kolonoskopii ze względu na zakaz prowadzenia samochodu po środkach uspakajających). Lekarz może również zlecić inne postępowanie. Informacje nt. udogodnień związanych z dojazdem na badania oraz pomocą w opiece nad osobami zależnymi dostępne są w biurze projektu.